SHAFFE tiene una presidencia bianual rotativa elegida entre los países miembros, lo que garantiza la diversidad de perspectivas.

La organización cuenta con un Comité Ejecutivo, formado por los presidentes actuales y pasados, además del vicepresidente actual y el secretario general adjunto (asesor), el cual, se reúne regularmente para apoyar el papel del secretario general y el desarrollo de los proyectos.

SHAFFE está presidida por un Presidente, un Vicepresidente, un Secretario General , además de un equipo especializado en las áreas de Sanidad Vegetal, Acceso a Mercado, Sostenibilidad, Salud y Nutrición, Gestión de Datos y Proyectos y Seguridad Alimentaria.

La secretaría de SHAFFE se estableció en Bruselas (Bélgica) para garantizar una mayor proximidad a los mercados del hemisferio norte y a los principales organismos de toma de decisiones políticas, así como también para generar importantes sinergias y ahorros de costos,  a través de la coordinación conjunta de un equipo de profesionales dedicados que gestionan las operaciones diarias de varias entidades comerciales interrelacionadas, como Freshfel Europe, WAPA y la Organización Mundial de Cítricos, entre otras.